微生物群落多樣性分析是指利用二代高通量測序技術,對微生物的16S rDNA、18S rDNA、ITS以及目標區域擴增子測序,分析環境中細菌、古細菌以及真菌的種類組成和含量,揭示環境樣品中微生物種類以及它們之間的差異、相對豐度、種群結構和進化關系;對于研究微生物與人類醫療健康、食品安全、環境檢測與治理、微生物資源的利用等有著重要的指導作用。

產品優勢:

? 無需分離培養,直接對菌群樣本中的微生物特征序列進行擴增檢測,簡單快速
? Illumina測序平臺,測序周期短,讀長更長
? 全面的分析內容,為您的項目提供解決方案

技術路線:
技術路線

分析內容:

    1. 數據質控與統計
    2. OTU 分類分析
        2.1 OTU 聚類分析
        2.2 分類學分析
    3. 群落組成分析 (Community)
        3.1 物種組成餅圖
        3.2 多級物種組成圖
        3.3 多樣本物種組成柱狀圖
        3.4 多樣本物種組成聚類熱圖
        3.5 屬水平物種進化樹
    4. Alpha 多樣性分析(AlphaDiversity)
        4.1 多樣性指數統計
        4.2 多樣性指數差異分析
        4.3 稀釋性曲線(Rarefaction curve)
        4.4 等級聚類曲線(Rank-Aundance)曲線
    5. Beta 多樣性分析(BetaDiversity)
        5.1 基于OTU 的Venn 圖
        5.2 PCA 分析
        5.3 PCoA 分析
        5.4 UPGMA聚類樹圖
        5.5 NMDS 分析
        5.6 組間群落結構差異顯著性檢驗
            5.6.1 ADONIS 分析
            5.6.2 Anosim分析
            5.6.3 MRPP分析
            5.6.4 Amova分析
    6. 差異分析
        6.1 Metastats 分析
        6.2 Lefse 分析
    7. 功能分析
    8. 關聯分析

案例解析:

腸道微生物介導的肉蓯蓉提取物干預慢性不可預測性應激大鼠的抗抑郁樣作用研究
本研究建立慢性不可預測應激(CUS)誘導抑郁模型,探討肉蓯大管提取物(CTE)對行為測試、海馬和結腸單胺類神經遞質和神經營養因子、腸道微生物群組成、短鏈脂肪酸產生的影響。通過16s rDNA測序、代謝組學測序和生化指標(5-HT、NE、BDNF)檢測,相關分析結果表明CTE顯著改善不可預測應激大鼠的抑郁樣行為。β多樣性分析中對照組與模型組顯著分離,高劑量CTE組有恢復正常組趨勢,在門水平上,大部分的腸道菌群為厚壁菌門和擬桿菌門,在屬水平上大部分為乳酸菌、瘤胃球菌和擬桿菌屬等,擬桿菌與海馬體中5-HT正相關,卻與丁酸、異丁酸、戊酸、異戊酸等成負相關;瘤胃球菌和海馬體中5-HT呈顯著負相關。


參考文獻:
Yang Li , Ying Peng et al. Antidepressant-Like Effects of Cistanche tubulosa Extract on Chronic Unpredictable Stress Rats Through Restoration of Gut Microbiota Homeostasis. Frontiers in Pharmacology, 2018.

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