染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與DNA 相互作用的有力工具,基于Illumina Hiseq測序平臺,在全基因組范圍內研究組蛋白修飾或被轉錄因子結合的DNA區域,以高效率的測序手段得到高通量的數據結果。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     原始數據整理、過濾及質量評估
    2.     參考基因組注釋整理與統計
    3.     與參考基因組比對
    4.     Peak Calling
    5.     Peak相關基因GO注釋
    6.     Peak相關基因KEGG注釋
    7.     樣品間差異Peak分析
    8.     差異Peak相關基因GO富集分析
    9.     差異Peak相關基因KEGG通路富集分析
    10.     Motif分析

案例解析

小鼠外胚層干細胞中轉錄因子的相關研究
通過高效的ChIP分析程序,研究了小鼠外胚層干細胞中五種主要的轉座因子(ZIC2、OTX2、SOX2、POU5F1和POU3F1)的染色體區域,它們有參與EpiSC維護和體細胞發展過程。


參考文獻:
Matsuda K, Mikami T, Oki S, et al. ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors in mouse epiblast stem cells that highlights a central role for ZIC2. Development, 2018.

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